约50% - 60%的早期胎停，都是由染色体异常引起的。常见的染色体数目异常为三倍体，染色体结构异常则包括染色体缺失、重叠、反转和平衡易位等情况。

黄体功能不足、甲状腺异常（如甲减或甲亢）、胰岛素抵抗等问题，会导致孕酮、雌激素分泌不足，就像“土壤贫瘠难以孕育幼苗”一样，影响胚胎的正常发育。

有些胎停是因为母体免疫系统将胚胎当作“入侵者”进行攻击。例如抗磷脂综合征等疾病，会导致胎盘血管栓塞，从而切断胎儿的营养供给。如果女性出现2次以上胎停，一定要检查免疫因素。

纵隔子宫、宫腔粘连、子宫肌瘤等子宫结构问题，或者子宫内膜异位症（如王冕所患的巧克力囊肿），都会让胚胎“无处安家”，难以正常着床和发育。

TORCH感染（包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒等）堪称胎儿的“杀手”。很多宠物主人可能不知道，接触猫粪可能会感染弓形虫。

孕妈在孕早期如果长期处于噪音、高温、射线、重金属等污染严重的环境中，或者接触过致畸药物，都可能导致胚胎停育。

如精液中有大量细菌生长、精子畸形率高等。